Gerador de diagramas de vias metabólicas

Uma figura padrão de via metabólica deve equilibrar os detalhes químicos com a legibilidade visual. Mostre as dez etapas sequenciais da glicólise e destaque as três enzimas irreversíveis limitantes da velocidade: hexoquinase (HK), fosfofrutoquinase-1 (PFK-1) e piruvato quinase (PKM). Acompanhe a conversão de piruvato em acetil-CoA pela piruvato desidrogenase (PDH) e a entrada do carbono no ciclo do ácido tricarboxílico (TCA) mitocondrial.

• Investimento e retorno da glicólise: acompanhe o consumo de ATP (HK, PFK-1) e a produção líquida (PGK, PKM)
• Estequiometria de cofatores redox: redução de NAD+ a NADH e reoxidação pela lançadeira malato-aspartato
• Etapas enzimáticas do ciclo TCA: citrato sintase, isocitrato desidrogenase (IDH) e α-cetoglutarato desidrogenase (α-KGDH)
• Conexão com a cadeia transportadora de elétrons: transferência de elétrons para os complexos I e II e formação do gradiente de prótons para a ATP sintase F0F1

Periódicos como Cell Metabolism, Nature Metabolism e Molecular Cell seguem convenções para intermediários químicos e rótulos de enzimas. Use a capitalização padrão dos metabólitos, mantenha o equilíbrio estequiométrico dos cofatores (ATP/ADP, NADH/NAD+) e diferencie visualmente as enzimas limitantes da velocidade e seus ativadores e inibidores alostéricos.

• Diferencie os nós: círculos ou pílulas para metabólitos; caixas de texto ou setas identificadas para enzimas
• Use cores para separar vias ramificadas: glicólise em ciano/azul, TCA em esmeralda/verde, síntese lipídica em âmbar e PPP em violeta
• Represente corretamente as setas de reação reversível e irreversível, com uma ou duas pontas de seta