Édition ciblée du génome

Générateur de schémas CRISPR-Cas9 Schéma CRISPR-Cas9

Créez des figures claires sur les mécanismes d’édition du génome. Représentez l’ouverture de l’ADN cible, l’hybridation du spacer de l’ARN guide (sgRNA), le clivage par les domaines nucléases de Cas9 et les voies de réparation des cassures double brin.

Spacer et structure de l’sgRNAReconnaissance du PAM 5′-NGGSVG et PPTX modifiablesAdapté aux figures scientifiques

Générateur de schémas CRISPR-Cas9

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Fonctionnement

Créer un schéma CRISPR-Cas9 en trois étapes

Préparez des figures d’ingénierie du génome à vérifier, représentant les domaines de la nucléase, l’hybridation de la cible et les voies de réparation de l’ADN.

Définir l’ARN guide, le PAM et le locus cible

Indiquez la variante de l’enzyme Cas (SpCas9, SaCas9, Cas12a), la séquence spacer de 20 nucléotides, le motif PAM (5′-NGG) et le locus génomique cible.

Vérifier le clivage par la nucléase et la réparation

Vérifiez les flèches de clivage HNH et RuvC, les dimensions de la boucle R et les branches de réparation NHEJ (inactivation) ou HDR (insertion).

Exporter des vecteurs modifiables

Téléchargez un SVG en calques ou des diapositives PowerPoint (PPTX) modifiables pour ajuster les polices des nucléotides, les couleurs des protéines et la disposition des panneaux.

Définir l’ARN guide, le PAM et le locus cible

Indiquez la variante de l’enzyme Cas (SpCas9, SaCas9, Cas12a), la séquence spacer de 20 nucléotides, le motif PAM (5′-NGG) et le locus génomique cible.

Vérifier le clivage par la nucléase et la réparation

Vérifiez les flèches de clivage HNH et RuvC, les dimensions de la boucle R et les branches de réparation NHEJ (inactivation) ou HDR (insertion).

Exporter des vecteurs modifiables

Téléchargez un SVG en calques ou des diapositives PowerPoint (PPTX) modifiables pour ajuster les polices des nucléotides, les couleurs des protéines et la disposition des panneaux.

Exemples de schémas CRISPR-Cas9

Découvrez des schémas scientifiques modifiables illustrant l’architecture du complexe ribonucléoprotéique Cas9, la reconnaissance du PAM, le clivage par la nucléase et l’édition de bases.

Complexe RNP Cas9 et architecture des domaines

Endonucléase Cas9 à deux lobes, montrant les lobes de reconnaissance REC et catalytique NUC, l’hélice pont et les interactions avec la structure de l’sgRNA.

Cas9 RNP

Reconnaissance du PAM et formation de la boucle R

La liaison au motif adjacent au protospacer (5′-NGG) déclenche l’ouverture locale de l’ADN et l’hybridation du spacer guide de 20 nucléotides.

5'-NGG-3' PAM

Clivage par les endonucléases HNH et RuvC

Clivage coordonné des brins d’ADN cible et non cible trois paires de bases en amont du PAM, pouvant produire une cassure double brin à extrémités franches.

HNH

Inactivation par NHEJ ou insertion par HDR

Branches de réparation cellulaire comparant les indels potentiellement introduits par la NHEJ à l’insertion dirigée par matrice via la HDR.

NHEJ

Systèmes d’édition de bases et d’édition primaire

Fusions de nickases conçues pour l’édition de bases (CBE/ABE) et éditeurs primaires avec transcriptase inverse (PE2/PE3).

Base Editor

Administration in vivo et méthodes de validation

Comparaison des modes d’administration par vecteurs AAV et nanoparticules lipidiques, avec validation hors cible par NGS ou GUIDE-seq.

AAV

Pourquoi SciDraw

Pourquoi utiliser SciDraw pour les schémas CRISPR

SciDraw peut aider à préparer un visuel scientifique. Avant de l’utiliser, vérifiez les libellés, les relations et les affirmations à partir de votre source.

Besoin du flux de travail	SciDraw AI	IA d’image généraliste
Architecture de la protéine à deux lobes	Représentez les lobes de reconnaissance REC et catalytique NUC ainsi que l’hélice pont. Vérifiez la représentation à partir de la structure de référence pertinente.	Génère des formes imprécises au lieu des lobes REC/NUC et des tiges-boucles de sgRNA.
Repères du PAM et du clivage	Indiquez la polarité 5′–3′ des brins d’ADN et l’emplacement attendu du clivage par rapport au motif 5′-NGG, selon la nucléase utilisée.	Place les sites de coupure au hasard sans alignement PAM 5'-NGG-3' ni boucle R.
Export vectoriel et vers PowerPoint	Téléchargez des SVG redimensionnables ou des diapositives PPTX modifiables pour ajuster les nucléotides, les couleurs et l’épaisseur des traits.	Produit des images matricielles figées où les séquences nucléotidiques sont non modifiables.
Utilisation et licence	L’utilisation commerciale dépend de votre formule, de la licence SciDraw, du droit applicable et des droits de tiers. Vérifiez également les consignes de la revue avant publication.	Conditions de licence floues compliquant les déclarations de publication.

Guide pratique

Guide pratique pour illustrer les mécanismes CRISPR-Cas9

Appliquez des principes de visualisation scientifique pour rendre vos schémas clairs et vérifiables. Consultez les consignes de la revue ciblée.

Schéma du complexe ribonucléoprotéique Cas9 montrant les lobes REC et NUC et l’sgRNA

1. Structure de l’endonucléase Cas9 et de l’ARN guide

CRISPR-Cas9, système CRISPR de type II de Streptococcus pyogenes, fonctionne avec un complexe ribonucléoprotéique (RNP). Pour illustrer ce système, représentez ses principales composantes structurelles :

Organisation en deux lobes : le polypeptide Cas9 forme deux lobes principaux reliés par une hélice pont chargée positivement : le lobe de reconnaissance hélicoïdal REC et le lobe nucléase NUC.
Domaines catalytiques du lobe NUC : il comprend deux centres nucléases distincts : HNH, qui clive le brin d’ADN cible complémentaire, et RuvC, qui clive le brin déplacé non complémentaire.
Structure de l’ARN guide simple (sgRNA) : l’sgRNA conçu comprend un spacer de 20 nucléotides spécifique de la cible, lié à une structure tracrRNA de plus de 80 nucléotides formant trois tiges-boucles.
Reconnaissance du PAM : le domaine C-terminal d’interaction avec le PAM (PID) se lie au motif adjacent au protospacer 5′-NGG-3′ sur le brin non cible, ce qui peut initier l’ouverture locale de la double hélice.

Schéma du double clivage par les domaines nucléases HNH et RuvC produisant une cassure double brin

2. Représenter la réparation des cassures double brin : NHEJ et HDR

Un schéma mécanistique CRISPR complet peut représenter le devenir du locus ciblé après une cassure double brin (DSB) induite par Cas9 :

Jonction d’extrémités non homologues (NHEJ) : courante dans de nombreux contextes cellulaires, y compris les cellules somatiques de mammifères. Ku70/Ku80 et DNA-PKcs participent à la ligature des extrémités et peuvent introduire de petites insertions ou délétions (indels), susceptibles de provoquer un décalage du cadre de lecture et une inactivation du gène.
Réparation dirigée par homologie (HDR) : principalement active en phases S et G2. Rad51 participe à l’invasion de brin à partir d’une matrice donneuse exogène (ssODN ou plasmide double brin), permettant une substitution de séquence ou l’insertion d’une étiquette.
Technologies alternatives : distinguez le clivage classique créant une cassure double brin de l’édition de bases par nickase (désamination CBE/ABE) et de l’édition primaire (synthèse par transcriptase inverse à partir du pegRNA), qui visent à éviter une cassure double brin.

Schéma d’administration in vivo de CRISPR montrant les vecteurs AAV, les nanoparticules lipidiques et la validation par NGS

3. Bonnes pratiques pour les figures CRISPR dans les manuscrits

Pour une figure destinée à une revue, annotez les séquences génomiques cibles et les contrôles hors cible, et déclarez l’utilisation des outils conformément aux consignes de la revue :

Annotation des séquences : indiquez clairement l’orientation 5′–3′ des deux brins d’ADN et mettez en évidence le triplet PAM.
Repère de clivage : indiquez le site de clivage prédit entre les positions −3 et −4 par rapport au PAM, au moyen de ciseaux ou de lignes pointillées clairement visibles.
Mention dans les Méthodes : si les consignes de la revue l’exigent, indiquez que les schémas de mécanisme CRISPR-Cas9 ont été préparés avec SciDraw AI et vérifiés à partir des données de séquençage de votre locus cible. (SciDraw)
Vérification de reproductibilité : assurez-vous que les séquences spacer d’sgRNA représentées correspondent aux oligonucléotides indiqués dans les méthodes supplémentaires.

Schéma des voies de réparation NHEJ et HDR comparant les indels et l’insertion d’une séquence matrice

4. Exportation, mise en page et adaptation pour revues et exposés

Un même schéma de voie ou de mécanisme sert souvent à plusieurs supports : figure d’article sur deux colonnes, diapositive 16:9 de congrès ou dossier de financement. Structurez la hiérarchie visuelle pour préserver la lisibilité :

Exportez en SVG vectoriel par calques ou en diapositives PPTX pour adapter la taille des polices, l’épaisseur des flèches et la palette de couleurs.
Conservez un codage couleur homogène entre les panneaux afin d’identifier immédiatement les déclencheurs, complexes actifs et inhibiteurs.
Vérifiez tous les symboles de gènes, sites de modification et flèches causales par rapport à vos données expérimentales avant soumission.

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Témoignages

Pourquoi les chercheurs gardent SciDraw dans leur flux de travail

Les chercheurs, les étudiants diplômés et les enseignants expliquent comment SciDraw les aide à créer plus rapidement des figures scientifiques, des diagrammes scientifiques, des résumés graphiques et des visuels pédagogiques plus clairs.

Pour une conférence sur les cellules végétales, j'avais besoin d'appeler les chloroplastes et les vacuoles sans reconstruire une vieille lame. SciDraw m'a donné une présentation de figures scientifiques utile qui est entrée dans mon diaporama après seulement quelques modifications de libellés.

Dr Hélène Vance

Professeur de biologie cellulaire

Lorsqu'un étudiant demande un exemple de diagramme de forces en dehors du manuel, j'ouvre SciDraw au lieu d'en redessiner un sur une diapositive. C'est le générateur de diagrammes scientifiques que je recherche en premier, puis je vérifie rapidement chaque vecteur.

Dr Javier Ortega

Enseignant de physique

Pour les propositions de subvention, nous utilisons SciDraw pour nous mettre d'accord sur le schéma de configuration expérimentale avant que quiconque ne commence à peaufiner la figure scientifique. Cela a réduit les allers-retours et donné à l’équipe un visuel partagé dès le premier jour.

Dr Devendra Verma

Directeur de laboratoire de recherche

Je peux comparer quelques diagrammes de voies biologiques pour les notes d’étude avant d’en choisir un.

Minh Nguyen

Étudiant diplômé en sciences

Pour ma thèse, je démarre le processus de transformation du manuscrit à la figure avec des dispositions de voies neuronales et de synapses dans SciDraw. Cela me donne une première composition solide, ce qui me permet de consacrer du temps à Illustrator sur les détails qui comptent.

Dr Ananya Rao

Doctorant en neurosciences

Le premier dessin scientifique a immédiatement lancé notre examen de la conception de la distillation fractionnée.

Dr Marcus Davis

Responsable du génie chimique

Si l’image de stock ne correspond pas au sujet climatique de la semaine, je crée un diagramme rapide dans SciDraw. Cela donne à la classe un visuel qui correspond à la discussion et je peux adapter les libellés à leur niveau.

Professeur Mei-Ling Zhao

Enseignant en sciences de l’environnement

Je vois des auteurs utiliser un générateur de figures scientifiques pour transformer une ébauche en quelque chose que les critiques peuvent réellement lire. Cela rend la première conversation de révision plus claire et aide la science à se démarquer de la mise en page.

Dr Thomas Ødegard

Éditeur de revue scientifique

Pour les cours de tectonique, j'utilise un diagramme de coupe transversale de volcan personnalisé lorsque l'image de stock ne correspond pas à la limite dont nous discutons. Les étudiants comprennent le processus beaucoup plus rapidement lorsque le visuel suit exactement l'exemple.

Dr Fatima Al-Sayed

Enseignant de géologie

Cela me donne rapidement une ébauche de figure scientifique soignée pour un diagramme de force ou un croquis d’onde, sans que la page du programme ne semble encombrée.

Dr Nathan Brooks

Développeur STEM

Je place un simple diagramme scientifique des matériaux à côté des images SEM afin que les étudiants puissent connecter un réseau idéal à l'échantillon réel. Cette comparaison visuelle fait que la leçon clique beaucoup plus rapidement qu'un autre paragraphe d'explication.

Dr Clara Sommer

Chercheur en matériaux

Avant d'ouvrir la CAO, nous utilisons le générateur de diagrammes d'architecture de SciDraw pour rendre visibles les limites du système et les transferts. Il permet de poser rapidement les bonnes questions et aide l'équipe à s'aligner avant la modélisation détaillée.

Dr Robert Söderberg

Ingénieur mécanique

Pour les diapositives de photosynthèse, je commence par une figure scientifique de chloroplaste que je peux adapter au niveau de la classe. Cela permet d'économiser un temps de préparation surprenant lorsqu'une leçon a besoin d'un nouveau visuel.

Dr Hannah Weber

Chercheur en biologie végétale

Cela me fait dépasser la page blanche d'un explicateur scientifique et donne à l'illustration finale une direction plus claire.

Ji Min Kim

Créateur de contenu scientifique

Demander aux élèves de créer un dessin scientifique pour un rapport de laboratoire les incite à réfléchir au processus étape par étape. La discussion et la révision ultérieure sont sensiblement plus fortes.

Dr Sofia Alvarez

Professeur de biochimie

C'est utile lorsque nous avons besoin d'un diagramme d'astronomie pour la configuration exacte de l'orbite ou de l'instrument dans la discussion, plutôt qu'un graphique générique du système solaire. Le résultat semble beaucoup plus proche de la question de recherche.

Dr David Park

Chercheur en astronomie

Une figure écologique labellisée donne à nos réunions postdoctorales quelque chose de concret sur lequel pointer lorsque nous discutons des boucles de rétroaction. Cela permet de concentrer la discussion et de nous aider à atteindre plus rapidement une figure d’article.

Dr Lisa Wang

Postdoctorant en écologie

Pour les articles à plusieurs panneaux, j'utilise le flux de travail manuscrit-figure pour décider ce que chaque panneau doit faire avant Illustrator. Cela rend les premières décisions de mise en page plus rapides et laisse plus de temps pour le peaufinage final.

Carlos Ortega

Assistant illustrateur

Pour les premières revues de circuits et de réseaux, j'utilise le générateur de diagrammes d'architecture de SciDraw pour obtenir un premier passage sur la page. L’équipe peut les annoter ensemble au lieu de créer des diapositives à partir de fragments, ce qui permet de prendre des décisions plus rapidement.

Dr Elena Gomez

Responsable de l’ingénierie des systèmes

Pour les guides scientifiques destinés au public, des diagrammes scientifiques clairs voyagent souvent mieux qu’un bloc de texte dense. Ils facilitent le partage d'idées complexes dans plusieurs langues et nous fournissent un point de départ solide pour le guide final.