Complejo RNP de Cas9 y arquitectura de dominios
Endonucleasa Cas9 con dos lóbulos: el lóbulo de reconocimiento REC, el lóbulo catalítico NUC, la hélice puente y las interacciones con la estructura del sgRNA.
Cas9 RNP
Edición genómica dirigida
Generador de diagramas CRISPR-Cas9 Diagrama CRISPR-Cas9
Crea figuras claras de los mecanismos de edición genómica. Representa la separación del ADN diana, la hibridación del espaciador del ARN guía único (sgRNA), la escisión por los dominios endonucleasa de Cas9 y las vías de reparación de roturas de doble cadena.
Espaciador y estructura de sgRNAReconocimiento de PAM 5′-NGGSVG y PPTX editablesCalidad para publicación científica
Generador de diagramas CRISPR-Cas9
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Cómo funciona
Cómo crear diagramas CRISPR-Cas9 en 3 pasos
Prepara borradores de figuras de ingeniería genómica que representen los dominios nucleasa, la hibridación con la secuencia diana y las vías posteriores de reparación del ADN.
Define el ARN guía, el PAM y el locus diana
Indica la variante de la enzima Cas (SpCas9, SaCas9 o Cas12a), la secuencia espaciadora de 20 nt, el motivo PAM (5′-NGG) y el locus genómico diana.
Revisa los mecanismos de escisión y reparación
Comprueba las flechas de escisión de HNH y RuvC, las dimensiones de la burbuja R-loop y las ramas de reparación NHEJ o HDR posteriores.
Exporta vectores editables para publicar
Descarga gráficos SVG en capas o diapositivas PowerPoint (PPTX) para ajustar la tipografía de los nucleótidos, los colores de las proteínas y la disposición de los paneles.
Define el ARN guía, el PAM y el locus diana
Indica la variante de la enzima Cas (SpCas9, SaCas9 o Cas12a), la secuencia espaciadora de 20 nt, el motivo PAM (5′-NGG) y el locus genómico diana.
Revisa los mecanismos de escisión y reparación
Comprueba las flechas de escisión de HNH y RuvC, las dimensiones de la burbuja R-loop y las ramas de reparación NHEJ o HDR posteriores.
Exporta vectores editables para publicar
Descarga gráficos SVG en capas o diapositivas PowerPoint (PPTX) para ajustar la tipografía de los nucleótidos, los colores de las proteínas y la disposición de los paneles.
Ejemplos de diagramas CRISPR-Cas9
Explora diagramas científicos editables sobre la arquitectura de la ribonucleoproteína Cas9, el reconocimiento del PAM, la escisión nucleasa y la edición de bases.
Reconocimiento del PAM y formación del R-loop
La unión al motivo adyacente al protoespaciador (PAM 5′-NGG) inicia la separación local del ADN y la hibridación del espaciador guía de 20 nucleótidos.
5'-NGG-3' PAM
Escisión por las endonucleasas HNH y RuvC
Escisión coordinada de las cadenas diana y no diana del ADN a 3 pares de bases del PAM, que produce una rotura de doble cadena con extremos romos.
HNH
Reparación NHEJ para knockout y HDR para knock-in
Ramas de reparación del ADN celular que comparan los indeles propensos a errores de NHEJ con la inserción knock-in dirigida por plantilla mediante HDR.
NHEJ
Sistemas de edición de bases y edición prime
Fusiones de nickasas diseñadas, como editores de bases de citosina o adenina (CBE/ABE) y editores prime con transcriptasa inversa (PE2/PE3).
Base Editor
Administración in vivo y métodos de validación
Comparación de métodos de administración, como vectores AAV y nanopartículas lipídicas, junto con la validación de efectos fuera de diana mediante NGS y GUIDE-seq.
AAV
Por qué SciDraw
Por qué se usa SciDraw para crear diagramas CRISPR
SciDraw puede ayudar a crear un borrador visual científico. Antes de usarlo, compruebe las etiquetas, relaciones y afirmaciones con la fuente.
Necesidad del flujo de trabajo | SciDraw AI | IA genérica de imágenes |
|---|---|---|
Arquitectura precisa de los dos lóbulos proteicos | Representa el lóbulo de reconocimiento REC, el lóbulo catalítico NUC y la hélice puente. Contrasta la estructura con las referencias cryo-EM publicadas. | Genera formas amorfas en lugar de lóbulos REC/NUC definidos y horquillas de sgRNA. |
Coordenadas del PAM y de la escisión | Muestra la polaridad de las cadenas de ADN de 5′ a 3′ y sitúa las marcas de escisión a 3 pb del motivo 5′-NGG. | Coloca sitios de corte al azar sin alineación PAM 5'-NGG-3' ni separación de hebras en bucle R. |
Exportación vectorial y a PowerPoint | Descarga archivos SVG escalables o diapositivas PPTX editables para modificar las letras de los nucleótidos, los colores y el grosor de las líneas. | Produce imágenes de píxeles estáticas donde las secuencias de nucleótidos no pueden corregirse. |
Derechos de uso académico y comercial | El uso comercial depende del plan y de la licencia SciDraw, y está sujeto a la legislación y a los derechos de terceros. Revisa los requisitos de la revista antes de publicar. | Términos de licencia ambiguos que dificultan las declaraciones editoriales. |
Guía práctica
Guía práctica para diseñar figuras del mecanismo CRISPR-Cas9
Aplique principios de visualización científica para que los diagramas sean claros y legibles; compruebe su precisión y los requisitos de la revista.
1. Estructura de la endonucleasa Cas9 y del ARN guía
CRISPR-Cas9, un sistema CRISPR de tipo II de Streptococcus pyogenes, funciona mediante una maquinaria ribonucleoproteica (RNP) coordinada. Al representar este sistema, distingue sus componentes estructurales:
- Organización en dos lóbulos: el polipéptido Cas9 forma dos lóbulos principales separados por una hélice puente con carga positiva: el lóbulo de reconocimiento alfa-helicoidal (REC) y el lóbulo nucleasa (NUC).
- Dominios catalíticos NUC: el lóbulo NUC contiene dos centros endonucleasa: HNH, que escinde la cadena diana complementaria del ADN, y RuvC, que escinde la cadena desplazada no complementaria.
- Estructura del ARN guía único (sgRNA): consta de un espaciador de 20 nucleótidos específico de la diana, unido a una estructura tracrRNA de más de 80 nucleótidos que forma tres horquillas.
- Reconocimiento del PAM: el dominio C-terminal que interactúa con el PAM (PID) se une al motivo adyacente al protoespaciador 5′-NGG-3′ de la cadena no diana e inicia la separación local de la doble hélice.
2. Representación de la reparación de roturas de doble cadena: NHEJ y HDR
Un esquema del mecanismo CRISPR puede mostrar el destino del locus diana después de las roturas de doble cadena (DSB) inducidas por Cas9:
- Unión de extremos no homólogos (NHEJ): predomina en células que no se dividen y en células somáticas de mamíferos. Recluta Ku70/Ku80 y DNA-PKcs para ligar extremos romos; puede introducir inserciones o deleciones pequeñas (indeles) que provocan cambios en el marco de lectura y un knockout génico.
- Reparación dirigida por homología (HDR): ocurre sobre todo durante las fases S y G2. Utiliza Rad51 para facilitar la invasión de cadena con una plantilla donante exógena (ssODN o plásmido de doble cadena) y permitir la sustitución precisa de secuencias o la inserción de etiquetas.
- Tecnologías alternativas: distingue la escisión DSB convencional de la edición de bases mediada por nickasas (desaminación CBE/ABE) y la edición prime (síntesis por transcriptasa inversa desde pegRNA), que evita las roturas de doble cadena para reducir la formación de indeles.
3. Recomendaciones para presentar figuras CRISPR en manuscritos científicos
Al preparar figuras para revistas académicas, anota con precisión las secuencias genómicas diana, los controles de efectos fuera de diana y el uso de software de generación:
- Anotación de secuencias: incluye marcadores de orientación de 5′ a 3′ para ambas cadenas de ADN y resalta el triplete PAM con un color contrastante.
- Indicación del sitio de escisión: marca el plano de escisión previsto entre las posiciones −3 y −4 respecto al PAM con una línea vertical o una línea discontinua.
- Atribución en métodos: puedes indicar en el manuscrito: «Las figuras del mecanismo CRISPR-Cas9 y los esquemas de direccionamiento se prepararon con SciDraw AI (SciDraw, https://scidraw.org) y se contrastaron con los datos de secuenciación del locus diana».
- Comprobaciones de reproducibilidad: asegúrate de que las secuencias espaciadoras de sgRNA mostradas coincidan con los oligonucleótidos de las tablas de métodos suplementarios.
4. Exportación, diseño y adaptación para revistas y congresos
Una misma figura de vía o mecanismo suele adaptarse tanto a un panel de manuscrito como a una diapositiva panorámica 16:9 o una propuesta de financiación. Organice la jerarquía visual para mantener la legibilidad en cada formato:
- Exporte archivos SVG por capas o diapositivas PPTX nativas para ajustar tamaños de fuente, grosor de flechas y paletas de colores.
- Mantenga un código de colores coherente entre paneles para identificar estímulos, complejos activos e inhibidores de un vistazo.
- Compruebe todos los símbolos génicos, sitios de fosforilación y conectores causales con sus datos experimentales antes del envío.
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Testimonios
Por qué los investigadores mantienen SciDraw en su flujo de trabajo
Investigadores, estudiantes de posgrado y educadores comparten cómo SciDraw les ayuda a crear figuras científicas, diagramas científicos, resúmenes gráficos y elementos visuales de enseñanza más claros con mayor rapidez.
Para una conferencia sobre células vegetales, necesitaba mencionar los cloroplastos y las vacuolas sin tener que reconstruir una diapositiva vieja. SciDraw me proporcionó un diseño de figura científica útil que se incluyó en mi presentación de diapositivas después de solo unas pocas ediciones de etiquetas.
Dra. Helen Vance
Profesor de biología celular
Cuando un estudiante me pide un ejemplo de diagrama de fuerza que no se encuentra en el libro de texto, abro SciDraw en lugar de volver a dibujar uno en una diapositiva. Primero busco el generador de diagramas científicos y luego compruebo rápidamente cada vector.
Dr. Javier Ortega
Instructor de física
Para las propuestas de subvención, utilizamos SciDraw para acordar el diagrama de configuración experimental antes de que alguien comience a pulir la figura científica. Ha reducido los intercambios y le ha dado al equipo una imagen compartida desde el primer día.
Dr. Devendra Verma
Director de laboratorio de investigación
Puedo comparar algunos diagramas de vías biológicas para notas de estudio antes de decidirme por uno.
Minh Nguyen
Estudiante de posgrado en ciencias
Para mi tesis, comienzo el proceso de conversión del manuscrito a la figura con diseños de sinapsis y vías neuronales en SciDraw. Me proporciona una primera composición sólida, por lo que puedo dedicar tiempo de Illustrator a los detalles importantes.
Dra. Ananya Rao
Doctorando en neurociencia
El primer dibujo científico hizo que nuestra revisión del diseño de destilación fraccionada comenzara de inmediato.
Dr.Marcus Davis
Responsable de ingeniería química
Si la imagen de archivo no coincide con el tema climático de esa semana, hago un diagrama rápido en SciDraw. Le da a la clase una imagen que se adapta a la discusión y puedo adaptar las etiquetas a su nivel.
Prof. Mei-Ling Zhao
Docente de ciencias ambientales
Veo que los autores utilizan un generador de figuras científicas para convertir un esquema aproximado en algo que los revisores realmente puedan leer. Hace que la primera conversación de revisión sea más clara y ayuda a que la ciencia se destaque del diseño.
Dr. Thomas Ødegård
Editor de revista científica
Para las clases de tectónica, utilizo un diagrama de sección transversal de volcán personalizado cuando la imagen de archivo no coincide con el límite que estamos discutiendo. Los estudiantes captan el proceso mucho más rápido cuando lo visual sigue el ejemplo exacto.
Dra. Fátima Al-Sayed
Profesor de geología
Me proporciona rápidamente un borrador ordenado de una figura científica para un diagrama de fuerza o un boceto de onda, sin que la página del plan de estudios parezca abarrotada.
Dr. Nathan Brooks
Desarrollador STEM
Coloco un diagrama simple de ciencia de materiales junto a las imágenes SEM para que los estudiantes puedan conectar una red ideal con la muestra real. Esa comparación visual hace que la lección haga clic mucho más rápido que otro párrafo de explicación.
Dra. Clara Sommer
Investigador de materiales
Antes de abrir CAD, utilizamos el generador de diagramas de arquitectura de SciDraw para hacer visibles los límites y las transferencias del sistema. Pone sobre la mesa las preguntas correctas desde el principio y ayuda al equipo a alinearse antes del modelado detallado.
Dr. Robert Soderberg
Ingeniero mecánico
Para las diapositivas de fotosíntesis, empiezo con una figura científica del cloroplasto que puedo adaptar al nivel de la clase. Ahorra una sorprendente cantidad de tiempo de preparación cuando una lección necesita una imagen nueva.
Dra. Hanna Weber
Investigador de biología vegetal
Me ayuda a pasar la página en blanco de una explicación científica y le da a la ilustración final una dirección más clara.
Ji Min Kim
Creador de contenido científico
Hacer que los estudiantes creen un dibujo científico para un informe de laboratorio les hace pensar en el proceso paso a paso. La discusión y revisión posterior son notablemente más fuertes.
Dra. Sofía Álvarez
Profesor de bioquímica
Es útil cuando necesitamos un diagrama astronómico para la órbita exacta o la configuración del instrumento en la discusión, en lugar de un gráfico genérico del sistema solar. El resultado parece mucho más cercano a la pregunta de investigación.
Dr. David Parque
Investigador astronómico
Una figura ecológica etiquetada brinda a nuestras reuniones de posdoctorado algo concreto a lo que señalar cuando discutimos los ciclos de retroalimentación. Mantiene la discusión enfocada y nos ayuda a alcanzar una figura en papel más rápido.
Dra. Lisa Wang
Posdoctorando en ecología
Para artículos de varios paneles, utilizo el flujo de trabajo del manuscrito a la figura para decidir qué debe hacer cada panel antes de Illustrator. Toma las primeras decisiones de diseño más rápido y deja más tiempo para el pulido final.
carlos ortega
Asistente de ilustración
Para las primeras revisiones de circuitos y redes, utilizo el generador de diagramas de arquitectura de SciDraw para obtener una primera pasada por la página. El equipo puede marcarlas en conjunto en lugar de crear diapositivas a partir de fragmentos, lo que agiliza las decisiones.
Dra. Elena Gómez
Responsable de ingeniería de sistemas
Para las guías científicas de cara al público, los diagramas científicos claros suelen viajar mejor que un bloque de texto denso. Hacen que las ideas complejas sean más fáciles de compartir en todos los idiomas y nos brindan un sólido punto de partida para la guía final.
Dr. Michael Achebe
Comunicador científico
Preguntas frecuentes
Preguntas frecuentes sobre diagramas CRISPR-Cas9
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